From c82eff635513afafac5d612606a66ce6fc4ba284 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: ignis Date: Thu, 27 Jun 2019 16:53:49 +0900 Subject: [PATCH] Initial commit --- log_summary.sh | 13 + log_summary_from_listfile.sh | 20 + pv-notify.py | 1537 ++++++++++++++++++++++++++++++++++ pv_cases.sh | 11 + query_slurm.py | 15 + query_slurm_check.py | 15 + reconstruct_cases.sh | 12 + 7 files changed, 1623 insertions(+) create mode 100644 log_summary.sh create mode 100644 log_summary_from_listfile.sh create mode 100644 pv-notify.py create mode 100755 pv_cases.sh create mode 100644 query_slurm.py create mode 100644 query_slurm_check.py create mode 100755 reconstruct_cases.sh diff --git a/log_summary.sh b/log_summary.sh new file mode 100644 index 0000000..e200ebc --- /dev/null +++ b/log_summary.sh @@ -0,0 +1,13 @@ +# name=summary.`date --rfc-3339=seconds` + +# echo Subject: Dell Cluster log summary +# echo + +for lfile in `python /home/ignis/log_notification_mailer/query_slurm.py` +do +echo $lfile +echo -------------------------------------------------------------------------------- +tail -n 10000 $lfile | grep "Time\|(T)\|(p)\|(Phi)" | tail -n 10 +echo ================================================================================ +echo +done diff --git a/log_summary_from_listfile.sh b/log_summary_from_listfile.sh new file mode 100644 index 0000000..3feb5de --- /dev/null +++ b/log_summary_from_listfile.sh @@ -0,0 +1,20 @@ +# name=summary.`date --rfc-3339=seconds` + +# echo Subject: Dell Cluster log summary +# echo + +for lfile in `cat /home/ignis/log_notification_mailer/sample.list` +do +echo $lfile +tail -n 10000 $lfile/job.*.out | grep "Time\|(T)\|(p)\|(Phi)" | tail -n 10 +echo ================================================================================ +tail -n 5 $lfile/job.*.out +echo +done + +for lfile in `cat /home/ignis/log_notification_mailer/sample.list` +do +uuencode $lfile/OHsurface.png $(basename $lfile)-OHsurface.png +uuencode $lfile/Tsurface.png $(basename $lfile)-Tsurface.png +uuencode $lfile/Tplot.png $(basename $lfile)-Tplot.png +done diff --git a/pv-notify.py b/pv-notify.py new file mode 100644 index 0000000..36836ec --- /dev/null +++ b/pv-notify.py @@ -0,0 +1,1537 @@ +import os +import sys + +print (sys.argv) + +case_dir = sys.argv[1] + +#### import the simple module from the paraview +from paraview.simple import * +#### disable automatic camera reset on 'Show' +paraview.simple._DisableFirstRenderCameraReset() + +with open(os.path.join(case_dir, 'pvpython.foam'), 'w'): + pass + +# create a new 'OpenFOAMReader' +testfoam = OpenFOAMReader(FileName=os.path.join(case_dir,'pvpython.foam')) +testfoam.MeshRegions = ['internalMesh'] +testfoam.CellArrays = ['T'] + +# get animation scene +animationScene1 = GetAnimationScene() + +# update animation scene based on data timesteps +animationScene1.UpdateAnimationUsingDataTimeSteps() + +animationScene1.GoToLast() + +testfoam.CellArrays = ['AR', 'C', 'C2H', 'C2H2', 'C2H3', 'C2H4', 'C2H5', 'C2H6', 'C3H7', 'C3H8', 'CH', 'CH2', 'CH2(S)', 'CH2CHO', 'CH2CO', 'CH2O', 'CH2OH', 'CH3', 'CH3CHO', 'CH3O', 'CH3OH', 'CH4', 'CN', 'CO', 'CO2', 'De', 'E', 'E-', 'H', 'H2', 'H2CN', 'H2O', 'H2O2', 'H3O+', 'HCCO', 'HCCOH', 'HCN', 'HCNN', 'HCNO', 'HCO', 'HCO+', 'HNCO', 'HNO', 'HO2', 'HOCN', 'N', 'N2', 'N2O', 'NCO', 'NH', 'NH2', 'NH3', 'NNH', 'NO', 'NO2', 'O', 'O2', 'OH', 'T', 'Te', 'U', 'Udrift', 'Uthermal', 'dQ', 'mue', 'ne', 'p', 'qc', 'rho', 'rhoq'] + +# get active view +renderView1 = GetActiveViewOrCreate('RenderView') +# uncomment following to set a specific view size +renderView1.ViewSize = [1280, 800] + +# get color transfer function/color map for 'p' +pLUT = GetColorTransferFunction('p') + +# get opacity transfer function/opacity map for 'p' +pPWF = GetOpacityTransferFunction('p') + +# create a new 'Slice' +slice1 = Slice(Input=testfoam) +slice1.SliceType = 'Plane' +slice1.SliceOffsetValues = [0.0] + +# init the 'Plane' selected for 'SliceType' +slice1.SliceType.Origin = [0.01999923773109913, 0.0, 0.0] + +# toggle 3D widget visibility (only when running from the GUI) +Hide3DWidgets(proxy=slice1.SliceType) + +# Properties modified on slice1.SliceType +slice1.SliceType.Normal = [0.0, 0.0, 1.0] + +# show data in view +slice1Display = Show(slice1, renderView1) +# trace defaults for the display properties. +slice1Display.Representation = 'Surface' +slice1Display.ColorArrayName = ['POINTS', 'p'] +slice1Display.LookupTable = pLUT +slice1Display.OSPRayScaleArray = 'p' +slice1Display.OSPRayScaleFunction = 'PiecewiseFunction' +slice1Display.SelectOrientationVectors = 'U' +slice1Display.ScaleFactor = 0.003999847546219826 +slice1Display.SelectScaleArray = 'p' +slice1Display.GlyphType = 'Arrow' +slice1Display.GlyphTableIndexArray = 'p' +slice1Display.DataAxesGrid = 'GridAxesRepresentation' +slice1Display.PolarAxes = 'PolarAxesRepresentation' +slice1Display.GaussianRadius = 0.001999923773109913 +slice1Display.SetScaleArray = ['POINTS', 'p'] +slice1Display.ScaleTransferFunction = 'PiecewiseFunction' +slice1Display.OpacityArray = ['POINTS', 'p'] +slice1Display.OpacityTransferFunction = 'PiecewiseFunction' + +# hide data in view +Hide(testfoam, renderView1) + +# show color bar/color legend +slice1Display.SetScalarBarVisibility(renderView1, True) + +# set scalar coloring +ColorBy(slice1Display, ('CELLS', 'OH')) + +# Hide the scalar bar for this color map if no visible data is colored by it. +HideScalarBarIfNotNeeded(pLUT, renderView1) + +# rescale color and/or opacity maps used to include current data range +slice1Display.RescaleTransferFunctionToDataRange(True, False) + +# show color bar/color legend +slice1Display.SetScalarBarVisibility(renderView1, True) + +# get color transfer function/color map for 'OH' +oHLUT = GetColorTransferFunction('OH') + +# create a new 'Stream Tracer' +streamTracer1 = StreamTracer(Input=slice1, + SeedType='High Resolution Line Source') +streamTracer1.Vectors = ['POINTS', 'U'] +streamTracer1.MaximumStreamlineLength = 0.03999847546219826 + +# init the 'High Resolution Line Source' selected for 'SeedType' +streamTracer1.SeedType.Point1 = [0.005, -0.005, 0.0] +streamTracer1.SeedType.Point2 = [0.005, 0.005, 0.0] +streamTracer1.SeedType.Resolution = 30 + +# toggle 3D widget visibility (only when running from the GUI) +Hide3DWidgets(proxy=streamTracer1.SeedType) + +# show data in view +streamTracer1Display = Show(streamTracer1, renderView1) +# trace defaults for the display properties. +streamTracer1Display.Representation = 'Surface' +streamTracer1Display.ColorArrayName = ['POINTS', 'p'] +streamTracer1Display.LookupTable = pLUT +streamTracer1Display.OSPRayScaleArray = 'p' +streamTracer1Display.OSPRayScaleFunction = 'PiecewiseFunction' +streamTracer1Display.SelectOrientationVectors = 'Normals' +streamTracer1Display.ScaleFactor = 0.002276691497536376 +streamTracer1Display.SelectScaleArray = 'p' +streamTracer1Display.GlyphType = 'Arrow' +streamTracer1Display.GlyphTableIndexArray = 'p' +streamTracer1Display.DataAxesGrid = 'GridAxesRepresentation' +streamTracer1Display.PolarAxes = 'PolarAxesRepresentation' +streamTracer1Display.GaussianRadius = 0.001138345748768188 +streamTracer1Display.SetScaleArray = ['POINTS', 'p'] +streamTracer1Display.ScaleTransferFunction = 'PiecewiseFunction' +streamTracer1Display.OpacityArray = ['POINTS', 'p'] +streamTracer1Display.OpacityTransferFunction = 'PiecewiseFunction' + +# show color bar/color legend +streamTracer1Display.SetScalarBarVisibility(renderView1, True) + +# update the view to ensure updated data information +renderView1.Update() + +# Hide the scalar bar for this color map if no visible data is colored by it. +HideScalarBarIfNotNeeded(pLUT, renderView1) + +# reset view to fit data bounds +renderView1.ResetCamera(0.0, 0.04, -0.005, 0.005, 0.0, 0.0) + +# current camera placement for renderView1 +# renderView1.CameraPosition = [0.01999923773109913, 0.0, 0.08252598089539158] +# renderView1.CameraFocalPoint = [0.01999923773109913, 0.0, 0.0] +# renderView1.CameraParallelScale = 0.021359295571494116 + +# save screenshot +SaveScreenshot(os.path.join(case_dir,'OHsurface.png'), renderView1) +print "saved OH image" + +# set scalar coloring +ColorBy(slice1Display, ('CELLS', 'T')) +print "color by T" + +# Hide the scalar bar for this color map if no visible data is colored by it. +HideScalarBarIfNotNeeded(oHLUT, renderView1) + +# rescale color and/or opacity maps used to include current data range +slice1Display.RescaleTransferFunctionToDataRange(True, False) + +# show color bar/color legend +slice1Display.SetScalarBarVisibility(renderView1, True) + +# get color transfer function/color map for 'OH' +TLUT = GetColorTransferFunction('T') + +# update the view to ensure updated data information +renderView1.Update() + +# save screenshot +SaveScreenshot(os.path.join(case_dir,'Tsurface.png'), renderView1) +print "saved T image" + +# create a new 'Plot Over Line' +plotOverLine1 = PlotOverLine(Input=testfoam, + Source='High Resolution Line Source') + +# init the 'High Resolution Line Source' selected for 'Source' +plotOverLine1.Source.Point1 = [0.0, -0.007499999832361937, 0.0] +plotOverLine1.Source.Point2 = [0.0, 0.007499999832361937, 0.0] + +# toggle 3D widget visibility (only when running from the GUI) +Hide3DWidgets(proxy=plotOverLine1.Source) + +CreateLayout('Layout #2') + +# Create a new 'Line Chart View' +lineChartView1 = CreateView('XYChartView') +lineChartView1.ViewSize = [640, 640] +lineChartView1.LeftAxisRangeMaximum = 6.66 +lineChartView1.BottomAxisRangeMaximum = 6.66 +lineChartView1.RightAxisRangeMaximum = 6.66 +lineChartView1.TopAxisRangeMaximum = 6.66 + +# get layout +layout2 = GetLayout() + +# place view in the layout +layout2.AssignView(0, lineChartView1) + +# show data in view +plotOverLine1Display_1 = Show(plotOverLine1, lineChartView1) +# trace defaults for the display properties. +plotOverLine1Display_1.CompositeDataSetIndex = [0] +plotOverLine1Display_1.UseIndexForXAxis = 0 +plotOverLine1Display_1.XArrayName = 'arc_length' +plotOverLine1Display_1.SeriesVisibility = [ +'AR', +'C', +'C2H', +'C2H2', +'C2H3', +'C2H4', +'C2H5', +'C2H6', +'C3H7', +'C3H8', +'CH', +'CH2', +'CH2(S)', +'CH2CHO', +'CH2CO', +'CH2O', +'CH2OH', +'CH3', +'CH3CHO', +'CH3O', +'CH3OH', +'CH4', +'CN', +'CO', +'CO2', +'De', +'dQ', +'E_Magnitude', +'E-', +'H', +'H2', +'H2CN', +'H2O', +'H2O2', +'H3O+', +'HCCO', +'HCCOH', +'HCN', +'HCNN', +'HCNO', +'HCO', +'HCO+', +'HNCO', +'HNO', +'HO2', +'HOCN', +'mue', +'N', +'N2', +'N2O', +'NCO', +'ne', +'NH', +'NH2', +'NH3', +'NNH', +'NO', +'NO2', +'O', +'O2', +'OH', +'p', +'qc', +'rho', +'rhoq', +'T', +'Te', +'U_Magnitude', +'Udrift_Magnitude', +'Uthermal_Magnitude'] +plotOverLine1Display_1.SeriesLabel = [ +'AR', +'AR', +'arc_length', +'arc_length', +'C', +'C', +'C2H', +'C2H', +'C2H2', +'C2H2', +'C2H3', +'C2H3', +'C2H4', +'C2H4', +'C2H5', +'C2H5', +'C2H6', +'C2H6', +'C3H7', +'C3H7', +'C3H8', +'C3H8', +'CH', +'CH', +'CH2', +'CH2', +'CH2(S)', +'CH2(S)', +'CH2CHO', +'CH2CHO', +'CH2CO', +'CH2CO', +'CH2O', +'CH2O', +'CH2OH', +'CH2OH', +'CH3', +'CH3', +'CH3CHO', +'CH3CHO', +'CH3O', +'CH3O', +'CH3OH', +'CH3OH', +'CH4', +'CH4', +'CN', +'CN', +'CO', +'CO', +'CO2', +'CO2', +'De', +'De', +'dQ', +'dQ', +'E_X', +'E_X', +'E_Y', +'E_Y', +'E_Z', +'E_Z', +'E_Magnitude', +'E_Magnitude', +'E-', +'E-', +'H', +'H', +'H2', +'H2', +'H2CN', +'H2CN', +'H2O', +'H2O', +'H2O2', +'H2O2', +'H3O+', +'H3O+', +'HCCO', +'HCCO', +'HCCOH', +'HCCOH', +'HCN', +'HCN', +'HCNN', +'HCNN', +'HCNO', +'HCNO', +'HCO', +'HCO', +'HCO+', +'HCO+', +'HNCO', +'HNCO', +'HNO', +'HNO', +'HO2', +'HO2', +'HOCN', +'HOCN', +'mue', +'mue', +'N', +'N', +'N2', +'N2', +'N2O', +'N2O', +'NCO', +'NCO', +'ne', +'ne', +'NH', +'NH', +'NH2', +'NH2', +'NH3', +'NH3', +'NNH', +'NNH', +'NO', +'NO', +'NO2', +'NO2', +'O', +'O', +'O2', +'O2', +'OH', +'OH', +'p', +'p', +'qc', +'qc', +'rho', +'rho', +'rhoq', +'rhoq', +'T', +'T', +'Te', +'Te', +'U_X', +'U_X', +'U_Y', +'U_Y', +'U_Z', +'U_Z', +'U_Magnitude', +'U_Magnitude', +'Udrift_X', +'Udrift_X', +'Udrift_Y', +'Udrift_Y', +'Udrift_Z', +'Udrift_Z', +'Udrift_Magnitude', +'Udrift_Magnitude', +'Uthermal_X', +'Uthermal_X', +'Uthermal_Y', +'Uthermal_Y', +'Uthermal_Z', +'Uthermal_Z', +'Uthermal_Magnitude', +'Uthermal_Magnitude', +'vtkValidPointMask', +'vtkValidPointMask', +'Points_X', +'Points_X', +'Points_Y', +'Points_Y', +'Points_Z', +'Points_Z', +'Points_Magnitude', +'Points_Magnitude'] +plotOverLine1Display_1.SeriesColor = [ +'AR', +'0', +'0', +'0', +'arc_length', +'0.89', +'0.1', +'0.11', +'C', +'0.22', +'0.49', +'0.72', +'C2H', +'0.3', +'0.69', +'0.29', +'C2H2', +'0.6', +'0.31', +'0.64', +'C2H3', +'1', +'0.5', +'0', +'C2H4', +'0.65', +'0.34', +'0.16', +'C2H5', +'0', +'0', +'0', +'C2H6', +'0.89', +'0.1', +'0.11', +'C3H7', +'0.22', +'0.49', +'0.72', +'C3H8', +'0.3', +'0.69', +'0.29', +'CH', +'0.6', +'0.31', +'0.64', +'CH2', +'1', +'0.5', +'0', +'CH2(S)', +'0.65', +'0.34', +'0.16', +'CH2CHO', +'0', +'0', +'0', +'CH2CO', +'0.89', +'0.1', +'0.11', +'CH2O', +'0.22', +'0.49', +'0.72', +'CH2OH', +'0.3', +'0.69', +'0.29', +'CH3', +'0.6', +'0.31', +'0.64', +'CH3CHO', +'1', +'0.5', +'0', +'CH3O', +'0.65', +'0.34', +'0.16', +'CH3OH', +'0', +'0', +'0', +'CH4', +'0.89', +'0.1', +'0.11', +'CN', +'0.22', +'0.49', +'0.72', +'CO', +'0.3', +'0.69', +'0.29', +'CO2', +'0.6', +'0.31', +'0.64', +'De', +'1', +'0.5', +'0', +'dQ', +'0.65', +'0.34', +'0.16', +'E_X', +'0', +'0', +'0', +'E_Y', +'0.89', +'0.1', +'0.11', +'E_Z', +'0.22', +'0.49', +'0.72', +'E_Magnitude', +'0.3', +'0.69', +'0.29', +'E-', +'0.6', +'0.31', +'0.64', +'H', +'1', +'0.5', +'0', +'H2', +'0.65', +'0.34', +'0.16', +'H2CN', +'0', +'0', +'0', +'H2O', +'0.89', +'0.1', +'0.11', +'H2O2', +'0.22', +'0.49', +'0.72', +'H3O+', +'0.3', +'0.69', +'0.29', +'HCCO', +'0.6', +'0.31', +'0.64', +'HCCOH', +'1', +'0.5', +'0', +'HCN', +'0.65', +'0.34', +'0.16', +'HCNN', +'0', +'0', +'0', +'HCNO', +'0.89', +'0.1', +'0.11', +'HCO', +'0.22', +'0.49', +'0.72', +'HCO+', +'0.3', +'0.69', +'0.29', +'HNCO', +'0.6', +'0.31', +'0.64', +'HNO', +'1', +'0.5', +'0', +'HO2', +'0.65', +'0.34', +'0.16', +'HOCN', +'0', +'0', +'0', +'mue', +'0.89', +'0.1', +'0.11', +'N', +'0.22', +'0.49', +'0.72', +'N2', +'0.3', +'0.69', +'0.29', +'N2O', +'0.6', +'0.31', +'0.64', +'NCO', +'1', +'0.5', +'0', +'ne', +'0.65', +'0.34', +'0.16', +'NH', +'0', +'0', +'0', +'NH2', +'0.89', +'0.1', +'0.11', +'NH3', +'0.22', +'0.49', +'0.72', +'NNH', +'0.3', +'0.69', +'0.29', +'NO', +'0.6', +'0.31', +'0.64', +'NO2', +'1', +'0.5', +'0', +'O', +'0.65', +'0.34', +'0.16', +'O2', +'0', +'0', +'0', +'OH', +'0.89', +'0.1', +'0.11', +'p', +'0.22', +'0.49', +'0.72', +'qc', +'0.3', +'0.69', +'0.29', +'rho', +'0.6', +'0.31', +'0.64', +'rhoq', +'1', +'0.5', +'0', +'T', +'0.65', +'0.34', +'0.16', +'Te', +'0', +'0', +'0', +'U_X', +'0.89', +'0.1', +'0.11', +'U_Y', +'0.22', +'0.49', +'0.72', +'U_Z', +'0.3', +'0.69', +'0.29', +'U_Magnitude', +'0.6', +'0.31', +'0.64', +'Udrift_X', +'1', +'0.5', +'0', +'Udrift_Y', +'0.65', +'0.34', +'0.16', +'Udrift_Z', +'0', +'0', +'0', +'Udrift_Magnitude', +'0.89', +'0.1', +'0.11', +'Uthermal_X', +'0.22', +'0.49', +'0.72', +'Uthermal_Y', +'0.3', +'0.69', +'0.29', +'Uthermal_Z', +'0.6', +'0.31', +'0.64', +'Uthermal_Magnitude', +'1', +'0.5', +'0', +'vtkValidPointMask', +'0.65', +'0.34', +'0.16', +'Points_X', +'0', +'0', +'0', +'Points_Y', +'0.89', +'0.1', +'0.11', +'Points_Z', +'0.22', +'0.49', +'0.72', +'Points_Magnitude', +'0.3', +'0.69', +'0.29'] +plotOverLine1Display_1.SeriesPlotCorner = [ +'AR', +'0', +'arc_length', +'0', +'C', +'0', +'C2H', +'0', +'C2H2', +'0', +'C2H3', +'0', +'C2H4', +'0', +'C2H5', +'0', +'C2H6', +'0', +'C3H7', +'0', +'C3H8', +'0', +'CH', +'0', +'CH2', +'0', +'CH2(S)', +'0', +'CH2CHO', +'0', +'CH2CO', +'0', +'CH2O', +'0', +'CH2OH', +'0', +'CH3', +'0', +'CH3CHO', +'0', +'CH3O', +'0', +'CH3OH', +'0', +'CH4', +'0', +'CN', +'0', +'CO', +'0', +'CO2', +'0', +'De', +'0', +'dQ', +'0', +'E_X', +'0', +'E_Y', +'0', +'E_Z', +'0', +'E_Magnitude', +'0', +'E-', +'0', +'H', +'0', +'H2', +'0', +'H2CN', +'0', +'H2O', +'0', +'H2O2', +'0', +'H3O+', +'0', +'HCCO', +'0', +'HCCOH', +'0', +'HCN', +'0', +'HCNN', +'0', +'HCNO', +'0', +'HCO', +'0', +'HCO+', +'0', +'HNCO', +'0', +'HNO', +'0', +'HO2', +'0', +'HOCN', +'0', +'mue', +'0', +'N', +'0', +'N2', +'0', +'N2O', +'0', +'NCO', +'0', +'ne', +'0', +'NH', +'0', +'NH2', +'0', +'NH3', +'0', +'NNH', +'0', +'NO', +'0', +'NO2', +'0', +'O', +'0', +'O2', +'0', +'OH', +'0', +'p', +'0', +'qc', +'0', +'rho', +'0', +'rhoq', +'0', +'T', +'0', +'Te', +'0', +'U_X', +'0', +'U_Y', +'0', +'U_Z', +'0', +'U_Magnitude', +'0', +'Udrift_X', +'0', +'Udrift_Y', +'0', +'Udrift_Z', +'0', +'Udrift_Magnitude', +'0', +'Uthermal_X', +'0', +'Uthermal_Y', +'0', +'Uthermal_Z', +'0', +'Uthermal_Magnitude', +'0', +'vtkValidPointMask', +'0', +'Points_X', +'0', +'Points_Y', +'0', +'Points_Z', +'0', +'Points_Magnitude', +'0'] +plotOverLine1Display_1.SeriesLabelPrefix = '' +plotOverLine1Display_1.SeriesLineStyle = [ +'AR', +'1', +'arc_length', +'1', +'C', +'1', +'C2H', +'1', +'C2H2', +'1', +'C2H3', +'1', +'C2H4', +'1', +'C2H5', +'1', +'C2H6', +'1', +'C3H7', +'1', +'C3H8', +'1', +'CH', +'1', +'CH2', +'1', +'CH2(S)', +'1', +'CH2CHO', +'1', +'CH2CO', +'1', +'CH2O', +'1', +'CH2OH', +'1', +'CH3', +'1', +'CH3CHO', +'1', +'CH3O', +'1', +'CH3OH', +'1', +'CH4', +'1', +'CN', +'1', +'CO', +'1', +'CO2', +'1', +'De', +'1', +'dQ', +'1', +'E_X', +'1', +'E_Y', +'1', +'E_Z', +'1', +'E_Magnitude', +'1', +'E-', +'1', +'H', +'1', +'H2', +'1', +'H2CN', +'1', +'H2O', +'1', +'H2O2', +'1', +'H3O+', +'1', +'HCCO', +'1', +'HCCOH', +'1', +'HCN', +'1', +'HCNN', +'1', +'HCNO', +'1', +'HCO', +'1', +'HCO+', +'1', +'HNCO', +'1', +'HNO', +'1', +'HO2', +'1', +'HOCN', +'1', +'mue', +'1', +'N', +'1', +'N2', +'1', +'N2O', +'1', +'NCO', +'1', +'ne', +'1', +'NH', +'1', +'NH2', +'1', +'NH3', +'1', +'NNH', +'1', +'NO', +'1', +'NO2', +'1', +'O', +'1', +'O2', +'1', +'OH', +'1', +'p', +'1', +'qc', +'1', +'rho', +'1', +'rhoq', +'1', +'T', +'1', +'Te', +'1', +'U_X', +'1', +'U_Y', +'1', +'U_Z', +'1', +'U_Magnitude', +'1', +'Udrift_X', +'1', +'Udrift_Y', +'1', +'Udrift_Z', +'1', +'Udrift_Magnitude', +'1', +'Uthermal_X', +'1', +'Uthermal_Y', +'1', +'Uthermal_Z', +'1', +'Uthermal_Magnitude', +'1', +'vtkValidPointMask', +'1', +'Points_X', +'1', +'Points_Y', +'1', +'Points_Z', +'1', +'Points_Magnitude', +'1'] +plotOverLine1Display_1.SeriesLineThickness = [ +'AR', +'2', +'arc_length', +'2', +'C', +'2', +'C2H', +'2', +'C2H2', +'2', +'C2H3', +'2', +'C2H4', +'2', +'C2H5', +'2', +'C2H6', +'2', +'C3H7', +'2', +'C3H8', +'2', +'CH', +'2', +'CH2', +'2', +'CH2(S)', +'2', +'CH2CHO', +'2', +'CH2CO', +'2', +'CH2O', +'2', +'CH2OH', +'2', +'CH3', +'2', +'CH3CHO', +'2', +'CH3O', +'2', +'CH3OH', +'2', +'CH4', +'2', +'CN', +'2', +'CO', +'2', +'CO2', +'2', +'De', +'2', +'dQ', +'2', +'E_X', +'2', +'E_Y', +'2', +'E_Z', +'2', +'E_Magnitude', +'2', +'E-', +'2', +'H', +'2', +'H2', +'2', +'H2CN', +'2', +'H2O', +'2', +'H2O2', +'2', +'H3O+', +'2', +'HCCO', +'2', +'HCCOH', +'2', +'HCN', +'2', +'HCNN', +'2', +'HCNO', +'2', +'HCO', +'2', +'HCO+', +'2', +'HNCO', +'2', +'HNO', +'2', +'HO2', +'2', +'HOCN', +'2', +'mue', +'2', +'N', +'2', +'N2', +'2', +'N2O', +'2', +'NCO', +'2', +'ne', +'2', +'NH', +'2', +'NH2', +'2', +'NH3', +'2', +'NNH', +'2', +'NO', +'2', +'NO2', +'2', +'O', +'2', +'O2', +'2', +'OH', +'2', +'p', +'2', +'qc', +'2', +'rho', +'2', +'rhoq', +'2', +'T', +'2', +'Te', +'2', +'U_X', +'2', +'U_Y', +'2', +'U_Z', +'2', +'U_Magnitude', +'2', +'Udrift_X', +'2', +'Udrift_Y', +'2', +'Udrift_Z', +'2', +'Udrift_Magnitude', +'2', +'Uthermal_X', +'2', +'Uthermal_Y', +'2', +'Uthermal_Z', +'2', +'Uthermal_Magnitude', +'2', +'vtkValidPointMask', +'2', +'Points_X', +'2', +'Points_Y', +'2', +'Points_Z', +'2', +'Points_Magnitude', +'2'] +plotOverLine1Display_1.SeriesMarkerStyle = [ +'AR', +'0', +'arc_length', +'0', +'C', +'0', +'C2H', +'0', +'C2H2', +'0', +'C2H3', +'0', +'C2H4', +'0', +'C2H5', +'0', +'C2H6', +'0', +'C3H7', +'0', +'C3H8', +'0', +'CH', +'0', +'CH2', +'0', +'CH2(S)', +'0', +'CH2CHO', +'0', +'CH2CO', +'0', +'CH2O', +'0', +'CH2OH', +'0', +'CH3', +'0', +'CH3CHO', +'0', +'CH3O', +'0', +'CH3OH', +'0', +'CH4', +'0', +'CN', +'0', +'CO', +'0', +'CO2', +'0', +'De', +'0', +'dQ', +'0', +'E_X', +'0', +'E_Y', +'0', +'E_Z', +'0', +'E_Magnitude', +'0', +'E-', +'0', +'H', +'0', +'H2', +'0', +'H2CN', +'0', +'H2O', +'0', +'H2O2', +'0', +'H3O+', +'0', +'HCCO', +'0', +'HCCOH', +'0', +'HCN', +'0', +'HCNN', +'0', +'HCNO', +'0', +'HCO', +'0', +'HCO+', +'0', +'HNCO', +'0', +'HNO', +'0', +'HO2', +'0', +'HOCN', +'0', +'mue', +'0', +'N', +'0', +'N2', +'0', +'N2O', +'0', +'NCO', +'0', +'ne', +'0', +'NH', +'0', +'NH2', +'0', +'NH3', +'0', +'NNH', +'0', +'NO', +'0', +'NO2', +'0', +'O', +'0', +'O2', +'0', +'OH', +'0', +'p', +'0', +'qc', +'0', +'rho', +'0', +'rhoq', +'0', +'T', +'0', +'Te', +'0', +'U_X', +'0', +'U_Y', +'0', +'U_Z', +'0', +'U_Magnitude', +'0', +'Udrift_X', +'0', +'Udrift_Y', +'0', +'Udrift_Z', +'0', +'Udrift_Magnitude', +'0', +'Uthermal_X', +'0', +'Uthermal_Y', +'0', +'Uthermal_Z', +'0', +'Uthermal_Magnitude', +'0', +'vtkValidPointMask', +'0', +'Points_X', +'0', +'Points_Y', +'0', +'Points_Z', +'0', +'Points_Magnitude', +'0'] + +# Properties modified on plotOverLine1Display_1 +plotOverLine1Display_1.SeriesVisibility = ['T'] + +lineChartView1.LeftAxisUseCustomRange = 1 +lineChartView1.LeftAxisRangeMinimum = 0.0 +lineChartView1.LeftAxisRangeMaximum = 3000.0 + +''' +lineChartView1.BottomAxisUseCustomRange = 1 +lineChartView1.BottomAxisRangeMinimum = 0.0 +lineChartView1.BottomAxisRangeMaximum = 15e-3 +''' + +# save screenshot +# SaveScreenshot('/home/ignis/T-plot.png', lineChartView1, ImageResolution=[640,640]) +SaveScreenshot(os.path.join(case_dir,'Tplot.png'), lineChartView1) +print "saved T plot" diff --git a/pv_cases.sh b/pv_cases.sh new file mode 100755 index 0000000..e751435 --- /dev/null +++ b/pv_cases.sh @@ -0,0 +1,11 @@ +#!/bin/bash + +name=summary.`date --rfc-3339=seconds` + +source $HOME/.bashrc +source ~/OpenFOAM/OpenFOAM-2.4.x/etc/bashrc WM_NCOMPPROCS=32; source ~/OpenFOAM/cantera/bin/setup_cantera + +for lfile in `cat /home/ignis/log_notification_mailer/sample.list` +do +/home/ignis/ospv/bin/pvpython /home/ignis/log_notification_mailer/pv-notify.py $lfile +done diff --git a/query_slurm.py b/query_slurm.py new file mode 100644 index 0000000..de53492 --- /dev/null +++ b/query_slurm.py @@ -0,0 +1,15 @@ +import subprocess as sp + +USER = 'ignis' + +idlist = sp.check_output('squeue -h -u {} -t running -o "%i"'.format(USER), shell=True).split() + +foamBanner='F ield | OpenFOAM: The Open Source CFD Toolbox' + +for sid in idlist: + a = sp.check_output('scontrol show job {}'.format(sid), shell=True).split() + d = {aa.split("=")[0]: aa.split("=")[-1] for aa in a} + + with open(d["StdOut"]) as logfile: + if logfile.read().find(foamBanner) >= 0: + print d["StdOut"] diff --git a/query_slurm_check.py b/query_slurm_check.py new file mode 100644 index 0000000..ea66e20 --- /dev/null +++ b/query_slurm_check.py @@ -0,0 +1,15 @@ +import subprocess as sp + +USER = 'ignis' + +idlist = sp.check_output('squeue -h -u {} -o "%i"'.format(USER), shell=True).split() + +foamBanner='F ield | OpenFOAM: The Open Source CFD Toolbox' + +for sid in idlist: + a = sp.check_output('scontrol show job {}'.format(sid), shell=True).split() + d = {aa.split("=")[0]: aa.split("=")[-1] for aa in a} + + with open(d["StdOut"]) as logfile: + if logfile.read().find(foamBanner) >= 0: + print d["StdOut"] diff --git a/reconstruct_cases.sh b/reconstruct_cases.sh new file mode 100755 index 0000000..6679830 --- /dev/null +++ b/reconstruct_cases.sh @@ -0,0 +1,12 @@ +#!/bin/bash + +name=summary.`date --rfc-3339=seconds` + +source $HOME/.bashrc +source ~/OpenFOAM/OpenFOAM-2.4.x/etc/bashrc WM_NCOMPPROCS=32; source ~/OpenFOAM/cantera/bin/setup_cantera + +for lfile in `cat /home/ignis/log_notification_mailer/sample.list` +do +find $lfile/processor* -name h | xargs rm +reconstructPar -latestTime -case $lfile +done